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以下原因可造成信號峰分裂：
色譜柱污染
毛塞局部堵塞
無(wú)效柱床
注射溶劑效應
共洗脫化合物
在注射未經(jīng)過(guò)濾的樣品或者樣品溶劑和移動(dòng)相不一致時(shí)，經(jīng)常會(huì )導致色譜柱污染或毛塞局部堵塞。如果是由于樣品溶劑的不匹配，樣品組分可能在色譜柱入口處與移動(dòng)相相混時(shí)，或是與毛塞的金屬質(zhì)表面接觸時(shí)產(chǎn)生沉淀析出。
無(wú)效柱床的形成要么是由于流體動(dòng)力學(xué)因素（高流速，移動(dòng)相高粘度）對于裝填效果不佳的色譜柱帶來(lái)的應力作用，要么是由于機械作用力（色譜柱掉落）或者在化學(xué)作用下出現填料溶解（比如，pH>12）。
當注入溶劑的洗脫強度高于移動(dòng)相時(shí)，會(huì )出現峰分裂或者峰形變寬。此效應在早期出現的洗脫峰上表現得尤其明顯。
峰分裂也可能在任意兩種化合物發(fā)生共洗脫時(shí)出現。如果是這個(gè)原因，使用更高柱效（理論塔板數）的色譜柱應能將峰信號彼此更好的分開(kāi)。使用更小尺寸的填料顆?；蛘咛岣咧L(cháng)應該能解決問(wèn)題。提高工作溫度和/或減小移動(dòng)相粘度也可能促進(jìn)分離效果。
此外，一種化合物可能在兩種狀態(tài)下被洗脫出來(lái)，比如，在移動(dòng)相中呈離子對狀態(tài)的試劑量不足或者移動(dòng)相緩沖能力不夠的話(huà)。
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