薄層掃描儀是對薄層色譜進(jìn)行定量檢測分析的儀器，當前市場(chǎng)上有兩類(lèi)薄層色譜掃描儀：
傳統掃描儀
是一種全波長(cháng)掃描儀，提供波長(cháng)200-800nm范圍的可選波長(cháng)，通過(guò)檢測樣品對光的吸收強弱確定物質(zhì)含量。該掃描儀也能檢測254nm或365nm紫外照射產(chǎn)生的熒光強度，從而進(jìn)行特異性檢測。
傳統掃描儀的掃描方式分為：?jiǎn)喂馐鴴呙?、雙光束掃描和雙波長(cháng)掃描。
單光束掃描：采用單一光束（即單一波長(cháng)掃描），其結果就是上圖中一特定波長(cháng)條件下的單條曲線(xiàn)。儀器結構簡(jiǎn)單，但是基線(xiàn)不穩，實(shí)際中很少使用。
雙光束掃描：采用同一波長(cháng)的兩個(gè)光束同步掃描，一個(gè)光束掃描樣品展開(kāi)通道，另一個(gè)光束掃描樣品通道旁邊的空白區域，這樣就可扣除空白吸收，部分消除薄層板展開(kāi)方向鋪板不均勻產(chǎn)生的誤差。但是無(wú)法消除垂至于展開(kāi)方向鋪板不均勻產(chǎn)生的誤差。
雙波長(cháng)掃描：兩個(gè)不同波長(cháng)的光束交替掃描樣品展開(kāi)的通道區域，波長(cháng)選擇時(shí)，一個(gè)波長(cháng)為樣品大吸收位置，另一是吸收極小值位置。如上圖所示，如檢測目標為3（則大吸收峰為290nm，極小值可選200nm、260nm或325nm）。這種方法可基本消除鋪板不均產(chǎn)生的誤差，因此掃描基線(xiàn)很穩定。
以上各種掃描方式中，根據光源大?。⊕呙杈龋┎煌煞譃橹本€(xiàn)掃描和鋸齒掃描。
直線(xiàn)掃描：用可以覆蓋樣品展開(kāi)通道的寬光束一次性?huà)咄暾麄€(gè)展開(kāi)通道，即在展開(kāi)方向上（圖中橫坐標），每個(gè)點(diǎn)的數據只是一個(gè)掃描數據點(diǎn)。
鋸齒掃描：采用點(diǎn)狀光源，光點(diǎn)尺寸小于通道寬度，因此在展開(kāi)方向移動(dòng)到任何一點(diǎn)時(shí)，光源都要逐點(diǎn)沿樣品通道方向掃描，即形成“之”形（或鋸齒形掃描）。這樣，在展開(kāi)方向上每一點(diǎn)的數據都是多個(gè)點(diǎn)掃描結果的累加值。鋸齒掃描的精度相對直線(xiàn)掃描明顯提高。
當前，在定量分析中，薄層掃描多采用雙波長(cháng)鋸齒掃描。
分析誤差
薄層分析的誤差包括三個(gè)方面：點(diǎn)樣誤差、展開(kāi)誤差、定位誤差和檢測誤差。
采用自動(dòng)點(diǎn)樣器，誤差可控制在0.5%，熟練的分析人員用毛細管點(diǎn)樣，誤差小于1.0%，若用微量進(jìn)樣器，誤差會(huì )大一些。
展開(kāi)誤差來(lái)自鋪板的均勻性和樣品展開(kāi)效果，若采用預制的薄層板，誤差會(huì )明顯降低，采用雙波長(cháng)鋸齒掃描，也能有效降低展開(kāi)誤差。
定位誤差值斑點(diǎn)的位置和大小判定，擴散、脫尾等易產(chǎn)生定位誤差。檢測誤差來(lái)自光源的穩定性、光檢測器的穩定性以及樣品對光吸收（或熒光產(chǎn)生）的線(xiàn)性度等方面。為減少這些誤差，需要非常精密的機電系統，這也直接導致產(chǎn)品高昂的價(jià)格。
通常情況下，薄層掃描分析的誤差在3%以下。
薄層數碼成像分析儀
薄層數碼成像分析技術(shù)是利用數碼成像設備獲得薄層板上各點(diǎn)的光強度信息，之后對獲得圖像進(jìn)行分析的薄層分析技術(shù)。數碼成像設備包括兩種：照相機和掃描儀（由于數碼掃描儀采用逐行成像技術(shù)，為便于區分傳統薄層掃描儀的逐點(diǎn)掃描，將數碼掃描儀稱(chēng)為逐行掃描儀）。
和傳統薄層掃描一樣，照相機或逐行掃描儀都具有光檢測系統，它們都是將光量線(xiàn)性轉化為電信號的元件。不同的是，照相機和逐行掃描儀可進(jìn)一步將電信號轉換成電腦圖像，圖像中單個(gè)點(diǎn)（像素）的顏色深淺反映了光的強弱。
因此，薄層數碼成像更接近人眼觀(guān)察檢測，結果更直觀(guān)，因此非常適合鑒別，特別是中藥指紋圖譜的識別。
數碼成像儀不僅能完成普通白光照射下的成像分析，再裝配254nm或365nm紫外燈后，也可以檢測特異熒光，特異熒光檢測。
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